福建师范大学福建历史文化研究中心获批于2016年。主任为林国平教授，中心成员共14人，包括教授、博导7人，副教授7人。中心下设宗教文化研究、社会文化史、闽台文化史研究三个团队，并致力于福建地方历史与文化的研究，重点研究领域为道教和民间信仰，如福建道教派别、妈祖信仰文化、陈靖姑信仰文化、保生大帝信仰文化等。通过开展和组织研究活动，旨在致力于推动福建历史与文化研究的纵深发展，整合研究人才资源，搭建研究交流平台，培养青年研究学者。
中心自成立以来，承担了《当代闽台民间信仰庙际网络与两岸关系研究（1987—2017）》、《道教与闽台社会研究》等国家社科基金项目和《明代福建进士群体研究》、《道教教派与治理现代化研究》、《“文化节”视野下的闽台民间信仰》等省部级项目，出版了《中国科举制度史·明代卷》、《台湾通史》、《领先阁文萃（四卷）》、《师教：中国南方法师仪式传统比较研究》、《福建历史文化博览》、《莆田通史》、《闽台神灵与社会》等研究专著，发表了《龙华教新探》、《明代金门岛的科举盛况及其成因》、《福建归侨知青及其安置情况初探》、《陈庆镛与道咸学术》等高端学术论文。此外，该中心郭培贵教授的《中国科举制度史·明代卷》、林国平教授的《籖占与中国社会文化》分别获教育部高校科研优秀成果奖二等奖、三等奖，叶青教授的《福建归侨知青安置情况初探》获福建省社科优秀成果奖二等奖，黄建兴教授的《师教：中国南方法师仪式传统比较研究》、林国平教授的《海峡两岸：闽台地缘》、陈友良副教授的《民初留英学人的思想世界——从《甲寅》到《太平洋》的政论研究》获福建省社科优秀成果奖三等奖。