2021年3月，习近平总书记来闽考察时强调，要在探索海峡两岸融合发展新路上迈出更大步伐。闽台同根相连、同为一体，福建在新时代统一事业中具有特殊的使命责任。闽台宗教和民间信仰同根同源，是两岸一家的天然历史见证，在促进两岸融合发展中具有特殊作用。为深入学习贯彻习近平总书记关于宗教工作的重要论述和来闽视察重要讲话精神，打造闽台宗教和民间信仰研究的高水平学术队伍，深入挖掘研究闽台宗教和民间信仰文化共同的历史渊源和精神内涵，促进闽台民间互动、社会融合发展，福建省民族与宗教事务厅与福建师范大学合作共建“福建省闽台宗教和民间信仰研究中心”，遵循“优势互补、资源共享、开放合作、务实高效”原则，在科学研究、高端智库、学科建设、人才培养等领域不断挖掘合作潜力，拓展合作深度广度，加强闽台宗教和民间信仰研究，更好地服务海峡两岸融合发展。
中心挂靠福建师范大学社会历史学院，以福建师范大学社会历史学院、文学院、外国语学院、地理科学学院、文化旅游与公共管理学院从事闽台基督教、佛教、道教、民间信仰四个方向研究的16位研究者为主体，与福建省民族与宗教事务厅共同开展闽台宗教文化有关课题研究和学术研讨活动。
中心以服务国家对台战略，为政府提供宗教、民间信仰相关事务咨询为发展目标，重点围绕区域宗教文化资源挖掘，优秀传统文化传承，青年中坚研究力量培养等方向开展工作，力争建设成为立足福建、面向东南、辐射全国的具有影响力的闽台宗教与民间信仰研究高地与人才培养基地。
中心主要聚焦以下方面研究：闽台宗教和民间信仰交流交往研究、闽台宗教和民间信仰中国化研究、闽台宗教和民间信仰与区域历史文化研究、闽台宗教和民间信仰与非物质文化遗产研究、闽台宗教和民间信仰在海外的传播与影响研究、闽台宗教和民间信仰的创造性转化和创新性发展研究等。除了重视传统的基础研究之外，中心未来争取在理论与实践方面实现再创新、再发展，运用新理论来建构闽台宗教和民间信仰不同领域的研究，形成在区域宗教和民间信仰研究方面的特色。